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Jonathan Rubio debutó oficialmente con el primer equipo del Gil Vicente en el inicio de la temporada en la segunda división de Portugal.
Gil Vicente arrancó con un empate 1-1 ante el Mafra. Jonathan Rubio fue suplente pero ingresó al campo cuando su equipo ganaba 1-0.
En el 90′ llegó el empate del Mafra y a los 94′ se le concedió penal a favor del Gil Vicente, y se lo dieron a Jona Rubio a pesar de su edad y ser su primer partido, eso dice mucho del jugador aunque lamentablemente no logró materializar el penal en gol y el partido finalizo con 1-1.